Pur con l'aumentata capacità di misura, permangono molti elementi di incertezza sul mistero dei neutrini solari mancanti, cioè sul deficit nel flusso dei neutrini che sulla base delle teorie esistenti ci si aspetta che provengano dal Sole.

È ancora in discussione una audace ipotesi, avanzata decenni fa dal fisico italiano B. Pontecorvo (1910-93), relativa alla cosiddetta oscillazione dei neutrini.

In altre parole, i neutrini "mancanti" in realtà avrebbero cambiato natura nel percorso dalla Terra al Sole, trasformandosi, per esempio, da neutrini elettronici a neutrini muonici.